Výběr z archeologických terénních výzkumů
- 1983-1984: Sídliště z mladší doby bronzové v Lipticích, SZ Čechy: prozkoumán dvorec se čtyřmi stavbami z let cca 1000 BC a dvouprostorová pec (Beneš 1987, Beneš – Chvojka – Šitner, v přípravě)).
- 1985-1986: Jenišův Újezd, sídliště z doby laténské a římské, pohřebiště únětické kultury (cca 1900-1600 BC): výzkum sídlištních a výrobních objektů, příslušejících ke známému laténskému pohřebišti, odkryv a bioarcheologický výzkum skupinového pohřebiště únětické kultury (Beneš 1987, 1988, 1990)
- 1987-1991: Hrdlovka, sídliště kultury s lineární a vypíchanou keramikou (5. tisíciletí BC): odkryv nejpočetnější skupiny dochovaných půdorysů staveb kultury s vypíchanou keramikou (4900-4500 BC) ve střední Evropě (Beneš 1991, Beneš – Vondrovský, v přípravě)
- 1990-1995: Projekt ALRNB (Ancient landscape reconstruction in Northern Bohemia) ve spolupráci s univerzitou v Sheffieldu. Rozsáhlý průzkum metodami krajinné archeologie (Beneš et al. 1992, Beneš et al. 1993, Zvelebil et al. 1993, Zvelebil- Beneš 1997, Beneš-Zvelebil 1999)
- 1993-1997: Výzkum šumavské krajiny, zaměřený na archeologické a paleoekologické doklady odlesňování, zejména ve středověku a v raném novověku (Beneš 1995, 1996, 1997, Beneš et al. 1995). Průzkum raně novověkého polního system u Vlachova Březí s Petrem Hrubým a dalšími (Beneš et al. 1999) a společný výzkum terasových polí z hlediska jejich environmentálních paramentů (Bayer - Beneš 2004).
- 1994-1995: Výzkum vodovodního zařízení z Prachatic s využitím bioarcheologických metod (Beneš 1996). Archeologické výsledky výzkumu vedly k zachování fragment historického vodovodu a jeho zahrnutí do expozic Prachatického muzea.
- 1997: Výzkum parkánu hradu a zámku Orlíka nad Vltavou (Beneš 1999). Prozkoumána 7 metrů mocná stratigrafie s vrstvami od 13. století do 17. století.
- 1997-1998: Výzkum v Českém Krumlově v čp. 55 s využitím archeobotanických metod (Beneš 1999). Zachycena a prozkoumána středověká studna s kompletně vyhozenou výbavou domácnosti z přelomu 16.-17. století. Proveden kompletní bioarcheologický výzkum.
- 1994-1997: Výzkum středověkých a raně novověkých objektů na Prachaticku s využitím archeobotanických metod. Důležitý byl výzkum štoly ve Vimperku s využitím diatomologie (Beneš-Kaštovský-Majer 1998).
- 1997-2002: Výzkum městského opevnění Prachatic s využitím bioarcheologických metod. Série dílčích výzkumů úseků městské hradby. Použity archeobotanické metody.
- 2000-2003: Výzkum neolitických sídlišť v pražské oblasti. Hlubočepy (Beneš 2001), Praha-Křeslice, starolineární sídliště (Beneš et al. 2004) s pohřebištěm a sídlištěm z doby římské (Beneš et al. 2006). Horoměřice-rondel a pohřebiště (Řídký-Beneš,v přípravě).
- 2000-dnes: Výzkum hradiště Na Jánu v Netolicích s využitím environmentálních metod. Zkoumána raně středověká hradba s pohřebištěm. V letech 2008-2009 použity metody analýzy DNA. Projekt součástí budování archeoparku (Beneš 2001, 2008, 2010). Školní výzkum Jihočeské univerzity.
- 2005-dnes: Archeobotanika v Abusíru, Egypt. Výzkumná spolupráce v rámci Výzkumných záměrů PřF JU a Českého egyptologického ústavu FF UK Praha. Zajišťování analýzy dřeva a uhlíků z řady abusírských lokalit. (Cílek et al. 2011)
