1. Odborné monografie
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Die Diözese Budweis 1785–1813. Ein Beitrag zu Organisation, Verwaltung, Schriftgut und Geistlichkeit der Diözese in josephinischer Zeit. Přeložila Anna Ohlidal. Pelhřimov: Filozofická fakulta Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích – Nová tiskárna Pelhřimov, s.r.o., 2012, 308 s. ISBN 978–80–7415–064–7.
MARTÍNKOVÁ, Lenka a kol. 700 let psané historie obce Chyšná. Chyšná: Obecní úřad, 2005, 89 s. (bez ISBN).
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Zeměpanské konfirmační a konsensní listiny z lucemburské doby pro moravské příjemce. Brno: Masarykova univerzita – Matice moravská, 2003, 264 s., ISBN 80–210–3240–5 (Masarykova univerzita), ISBN 80–86488–10–1 (Matice moravská); Knižnice Matice moravské, sv. 11, (Opera Universitatis Masarykianae Brunensis, Facultas Philosophica – Spisy Masarykovy univerzity v Brně, Filozofická fakulta), č. 348, Paginae historiae mediaevalis – Stránky středověké historie, Series II/2 – Historica, ISSN 1211–3034.
MARTÍNKOVÁ, Lenka – RADILOVÁ, Jana. Košetice. 650 let. Košetice: Obecní úřad, 2002, 108 s. (bez ISBN).
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Pečeti a typáře cechů z území okresu Pelhřimov (1500) 1546–1796 (1859). Katalog pečetí a typářů uložených ve Státním okresním archivu Pelhřimov a v muzeích na území pelhřimovského okresu. Pelhřimov: Státní okresní archiv Pelhřimov, 2000, 162 s. (bez ISBN).
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Konfirmační a konsensní listiny lucemburských panovníků pro moravské příjemce, vydané v letech 1310 až 1411. Jejich význam, funkce a úloha v pozdně středověké moravské společnosti. Doktorská disertační práce, Filozofická fakulta Masarykovy univerzity, Brno, 1998, 160 s. a 58 s. nestránkovaných příloh.
SLAVÍČKOVÁ (Martínková), Lenka. Panovnické konfirmační a konsensní listiny pro moravské příjemce v době lucemburské v letech 1356–1411. Diplomová práce. Filozofická fakulta Masarykovy univerzity, Brno, 1992, 146 s.
2. Kapitoly v odborných monografiích
MARTÍNOVÁ, Lenka. Msgre František Bernard Vaněk a Pelhřimov. In: Kol. autorů. Msgre František Bernard Vaněk a Dr. Jan Fried, dva pelhřimovské osudy. Pelhřimov: Muzeum Vysočiny Pelhřimov, příspěvková organizace, Moravský zemský archiv v Brně – Státní okresní archiv Pelhřimov, 2015, s. 7–51, ISBN 978–80–87228–10–4 a 978–80–86931–97–8.
HEJHAL, Petr – HRUBÝ, Petr – MARTÍNKOVÁ, Lenka. Osídlování a kolonizace. In: MARTÍNEK, Zdeněk a kol. Pelhřimov. Historie – kultura – lidé. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2015, s. 26–70, ISBN 978–80–7422–289–4.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. II. Za vláda pražských biskupů a arcibiskupů (do roku 1415). In: MARTÍNEK, Zdeněk a kol. Pelhřimov. Historie – kultura – lidé. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2015, s. 71–108, ISBN 978–80–7422–289–4.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. III. Za vláda šlechtických vrchností (1415–1572). In: MARTÍNEK, Zdeněk a kol. Pelhřimov. Historie – kultura – lidé. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2015, s. 109–175, ISBN 978–80–7422–289–4.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. IV. Ve třetím stavu (1577–1620). In: MARTÍNEK, Zdeněk a kol. Pelhřimov. Historie – kultura – lidé. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2015, s. 177–213, ISBN 978–80–7422–289–4.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Obyvatelstvo. In: Kol. autorů. Pelhřimovsko ve druhém tisíciletí. Pelhřimov: Okresní úřad Pelhřimov, Státní okresní archiv Pelhřimov, 2000, s. 47–54, ISBN 80–238–6474–2.
MARTÍNEK, Zdeněk – MARTÍNKOVÁ, Lenka. Přehled historického vývoje. In: Kol. autorů. Pelhřimovsko ve druhém tisíciletí. Pelhřimov: Okresní úřad Pelhřimov, Státní okresní archiv Pelhřimov, 2000, s. 33–44, ISBN 80–238–6474–2.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Seznam československých legionářů rodáků a občanů okresu Pelhřimov. In: MARTÍNEK, Zdeněk a kol. Českoslovenští legionáři rodáci a občané okresu Pelhřimov. Pelhřimov: Okresní úřad Pelhřimov – Státní okresní archiv Pelhřimov, 2000, s. 69–134. (bez ISBN)
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Sto let Jednoty divadelních ochotníků Rieger v Pelhřimově. In: Kol. autorů. Rieger. Spolek divadelních ochotníků Pelhřimov 1894–1994. Pelhřimov: Spolek divadelních ochotníků Rieger, 1994, s. 3–26 (bez ISBN).
3. 2. Články v domácích recenzovaných časopisech
MARTÍNKOVÁ, Lenka. „Formularium expeditionum consistorialium.“ Tradiční formulářová sbírka ve službách modernizující se úřední kanceláře českobudějovické biskupské konzistoře (1785–1843). Sborník archivních prací, 2017, 67, s. 255–276, ISSN 0036–5246.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. „Podivné sepsání.“ Málo známý pramen k dějinám karmelitánského kláštera v Pacově. Folia historica Bohemica, 2014, 29, s. 423–434, ISSN 0231–7494.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Příliš „živá“ voda a spor pacovského faráře s majiteli statku Kámen o právo k ní. Studia Historica Brunensia, 2015, 62, C 50, s. 457 - 469, ISSN 1803–7429.
MARTÍNOVÁ, Lenka. Úřední praxe biskupské konzistorní kanceláře v Českých Budějovicích na přelomu 18. a 19. století při potvrzování a ověřování dokumentů. Studia Historica Brunensia, 2013, 60, C 50, s. 251–261, ISBN 978–80–210–7685–3, ISSN 1803–7429.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Církevní archivnictví na území Českobudějovické diecéze po roce 1785, se stručnou retrospektivou předchozího stavu. Archivní časopis, 2012, 62, s. 117–166, ISSN 0004–0398.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Archivy far a vikariátů na Pelhřimovsku (Několik poznámek k jejich písemnostem na Pelhřimovsku od pobělohorské doby do počátku 20. století). Archivní časopis, 2005, 55, s. 89–116, ISSN 0004–0393.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. K tzv. rynárecké listině z roku 1203 a jejím konfirmacím. Studia historica Brunensia, 2003, 52, C 50, s. 17–29, ISBN 80–210–3380–0, ISSN 0231–7710.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Zvláštní případ konfirmační listiny markraběte Jna Jindřicha z roku 1360 pro zábrdovické premonstráty. Časopis Matice moravské, 2000, 119, s. 5–18, ISSN 0323–052X.
3. 3. Články v ostatních odborných časopisech
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Proměny v postavení děkana ve správním systému pelhřimovského patronátu. Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2008, 19, s. 64–82, ISBN 978–80–87288–02–3.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. K osídlování severních oblastí Pelhřimovska v předhusitské době. Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2007, 18, s. 52–73, ISBN 978–80–903488–9–9.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Pelhřimovské chrámy doby baroka a jejich hmotné a finanční zabezpečení. In: Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2006, 17, s. 17–51, ISBN 80–903488–6–6.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Pelhřimov v pozdním středověku. 2. část: Město a panství. Postavení města v rámci organizace řečického panství na konci 14. století. Venkovské zázemí Pelhřimova. In: Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2005, 16, s. 13–54, ISSN 1211–9741.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Pelhřimov v pozdním středověku. 1. část: Město a předměstí, obyvatelstvo, vnitřní struktury a urbanismus na konci 14. století. In: Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2004, 15, s. 5–31, ISSN 1211–9741.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Zeměpanská a biskupská potvrzení starších listin pro řeholní a světské církevní instituce na Moravě v lucemburské době. In: Emil Kordiovský, ed., Vývoj církevní správy na Moravě: XXVII. Mikulovské sympozium 9. – 10. října 2002. Mikulov: Státní okresní archiv Břeclav, 2003, s. 319–328, ISBN 80–7275–046–1.
MARTÍNKOVÁ, Lenka – MARTÍNEK, Zdeněk. Pelhřimov 1549–1596 (od gotiky k renesanci, od poddanství ke svobodě). In: Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2002, 13, s. 5–11, ISSN 1211–9741.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Dějiny pelhřimovského děkanství v letech 1620 až 1790. In: Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 2001, 12, s. 3–46, ISSN 1211–9741.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Nový pramen k nejstarším dějinám Pelhřimova. In: Vlastivědný sborník Pelhřimovska, 1999, 10, s. 31–40, ISSN 1211–9741.
4. Články ve sbornících
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Ženy v zápisech z 15. století v nejstarší městské knize z Pelhřimova. In: JORDÁNKOVÁ, Hana, ed. Alis volat propriis: sborník k životnímu jubileu Ludmily Sulitkové. Brno: Statutární město Brno, 2016, s. 140–158, ISBN 978–80–86736–49–5.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Seal as an official symbol? From private personal seal of clergyman to the institutional seal of religious authority in the Czech lands at the turn of the 18th and 19th cntury. In: JAWORSKA, Alexandra – JOP, Robert – MADEJSKA, Katarzyna, eds. Znaki i symbole w przestrzeni publicznej od sredniowieczia do czasów wspolczesnych. Warszawa: Wydawnicztwo DiG, 2016, s. 321–328, ISBN 978–83–7181–966–7.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. České Budějovice na přelomu 18. a 19. století jako biskupské rezidenční město. In: ČERVENÁ, Radana – DVOŘÁK, Tomáš – VYSKOČIL, Aleš, eds. Jak psát dějiny velkých měst? Brno: Statutární město, Archiv města Brno, Univerzita Jana Ev. Purkyně v Ústí nad Labem, Historický ústav AV ČR, 2016, s.436–451. ISBN 978–80–86736–53–2; 978–80–7561–036–2; 978–80–7286–296–2.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. „Ad mandatum domini marchionis Nicolaus prothonotarius.“ Markraběcí úředník a stopy jeho činnosti v pozdně středověké střední Evropě. In: GÓRAK, Artur – SZABACIUK, Małgorzata, eds. Belliculum Diplomaticum V Lublinense. Dokumenty, kancelarie i archiwa między wschodem i zachodem Europy. Lublin: Wydawnicztwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, 2014, s. 319–333, ISBN 978–83–7784–567–7.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Profesní migrace duchovenstva v národnostně smíšených oblastech Českobudějovické diecéze na přelomu 18. a 19. století. In: AUGUSTIN, Milan, ed. Navzdory hranici. Migrační procesy na česko – německém pomezí. Plzeň: Státní oblastní archiv, 2013, s. 88–106, ISBN 978–80–904696–7–9.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Městské knihy do roku 1600 z Pelhřimovska a možnosti jejich edičního zpracování, se zvláštním zřetelem k nejstarší pelhřimovské městské knize (1417–1572). In: HRUBÁ, Michaela – SULITKOVÁ, Ludmila – ZÁBRANSKÝ, Vilém eds. Stav a perspektivy zpřístupňování středověkých a raně novověkých městských knih. Ústí nad Labem: Ústecký sborník historický, Supplementum, 1, 2010, s. 365–381, ISBN 978–80–7414–230–7.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Měšťan – duchovní – úředník, služba a povolání (2). Děkan v Pelhřimově v letech 1700 až 1800 – duchovní nebo úředník? In: HOJDA, Zdeněk – PÁTKOVÁ, Hana, eds. Pragmatické písemnosti v kontextu právním a správním. Praha: Filozofická fakulta Univerzity Karlovy, 2008, Opera Faultatis philosophicae Universitatis Carolinae Pragensis vol. VI, s. 367–382, ISBN 978–80–7308–195–9.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Slasti a strasti sufragána. Nástin „pracovního itineráře“ pražského světícího biskupa Antonína Jana Václava Vokouna na přelomu 40. a 50. let 18. století. In: STUCHLÁ, Pavla, ed. Antonín Jan Václav Vokoun (1691–1757) a církevní správa jeho doby v Čechách. Vodňany: Městské muzeum a galerie, 2008, s. 31–43, ISBN 80–254–1611–2.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Agenda pravitatis haereticorum z jihovýchodních Čech jako pramen pro studium tajného nekatolictví v 18. století. In: NEŠPOR, Pavel R. Čeští nekatolíci v 18. století. Mezi pronásledováním a náboženskou tolerancí. Ústí nad Labem: Albis international, 2007, s. 32–50, ISBN 978–80–86971–27–8.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Cechovní znamení se zvláštním zřetelem k situaci okresu Pelhřimov. In. MARTÍNKOVÁ, Lenka, red. Řemesla a řemeslníci na Pelhřimovsku od středověku do poloviny 20. století. Pelhřimov, Státní okresní archiv Pelhřimov a Okresní muzeum Pelhřimov, 1999, s. 41–48 (bez ISBN).
7. Překladatelská / ediční / redakční činnost (včetně příspěvků do slovníků či encyklopedií)
MARTÍNKOVÁ, Lenka, ed. Rozličná podání a události z dob minulých i přítomných. Zaznamenal P. Vojtěch Holý, děkan. L. P. 1883. Pelhřimov: Klub přátel historického Pelhřimova, 2009, 146 s., ISBN 978–80–7415–012–8.
MARTÍNKOVÁ, Lenka, ed. Paměti pelhřimovských měštanů z přelomu 18. a 19. století. Filip Ignác Dremsa & Antonín Štěpán. Pelhřimov: Moravský zemský archiv v Brně – Státní okresní archiv Pelhřimov, 2005, 190 s., ISBN 80–86931–10–2.
KRČILOVÁ, Irena – MARTÍNEK, Zděněk – MARTÍNKOVÁ, Lenka, eds. Práva a privilegia města Kamenice nad Lipou 1462–1798. Pelhřimov: Moravský zemský archiv v Brně – Státní okresní archiv Pelhřimov, 2004, 158 s. (bez ISBN).
MARTÍNKOVÁ, Lenka, red. Řemesla a řemeslníci na Pelhřimovsku od středověku do poloviny 20. století. Sborník příspěvků, katalogy výstav. Pelhřimov: Státní okresní archiv Pelhřimov a Okresní muzeum Pelhřimov, 1999, 116 s. (bez ISBN).
MARTÍNKOVÁ, Lenka – MARTÍNEK, Zdeněk, eds. Privilegia královského města Pelhřimova. Pelhřimov: Nová tiskárna Pelhřimov a Státní okresní archiv Pelhřimov, 1996, 58 s. (příležitostný stavnostní tisk u příležitosti 400. výročí povýšení Pelhřimova na královské město, bez ISBN).
9. 1. Referáty na mezinárodních konferencích v zahraničí
11. až 12. června 2013, Lublin, Polsko, mezinárodní vědecké setkání „Belliculum Diplomaticum V Lublinense: Problematyka badań nad dokumentem, kancelarią oraz archiwum na pogranicze kulturowe między Wschodem i Zachodem Europy“ organizovaná Zakładem Nauk Pomocnicznych Historii a Instytutem Historii Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej v Lublinu. Příspěvek nazvaný „Ad mandatum domini marchionis Nicolaus prothonotarius. A Clerk and the Steps of His Activity in the Late Medieval Central Europe“.
18. až 20. září 2013, Kazimierz Dołny, Polsko, mezinárodní vědecká konference „Znaki i symbole w przestrzeni publicznej od średniowieczia do czasów współczesnych“, organizovaná Zakładem Nauk Pomocnicznych Historii Uniwersytetu Marii Burie-Skłodowskiej v Lublinu. Příspěvek nazvaný „Seal as an official symbol? From private personal seal of clergyman to the insititutional seal of religious authority in the Czech lands at the turn of the 18th and the 19th century“.
9. 2. Referáty na mezinárodních konferencích v ČR
Brno, 19. – 21. listopad 2014, mezinárodní vědecká konference „Jak psát dějiny velkých měst?“ pořádaná Archivem města Brna, FF UJEP v Ústí nad Labem, FF MU v Brně a HÚ AV ČR. „České Budějovice na přelomu 18. a 19. století jako biskupské rezidenční město.“
Praha, 5. – 7. listopad 2014, mezinárodní konference „Religiöse Konflikte und konfessionelle Gewalt in Mitteleuropa vom 15. bis zum 18. Jahrhundert“, pořádaná Universität Stuttgart a FÚ a HÚ AV ČR. „Die politisch proklamierte Toleranz, die praktisch empfundene Toleranz.“
Praha, 26. – 28. září 2013, mezinárodní pracovní setkání „Präzedenz, Netzwerke und Transfers. Innere und äußere Kommunikationsstrukturen von Herrscherhöfen und Adelsresidenzen (16.–19. Jahrhundert) pořádané Universität Salzburg a HÚ AV ČR. „New Bishopric in České Budějovice and State Personnel Policy of Central Court Offices in Vienna from 1783 to 1813.“
Cheb, 27. až 29. květen 2013, mezinárodní odborná konference „Navzdory hranici. Migrační procesy na česko-německém pomezí“ pořádaná SOA Plzeň a SOkA Cheb. „Profesní migrace duchovenstva v národnostně smíšených oblastech Českobudějovické diecéze na přelomu 18. a 19. století.“
Ústí nad Labem, říjen 2009, mezinárodní konference „Stav a perspektivy zpřístupňování středověkých a raně novověkých městských knih“ pořádaná FF UK Praha, FF UJEP Ústí nad Labem, Archivem hlavního města Prahy a Archivem města Brna. „Městské knihy do roku 1600 z Pelhřimovska a možnosti jejich edičního zpracování, se zvláštním zřetelem k nejstarší pelhřimovské městské knize (1417–1572).“
Praha, září 2007, mezinárodní konference „Pragmatické písemnosti v kontextu právní a správním“ pořádaná FF UK Praha. „Měšťan – duchovní – úředník, služba a povolání (2). Děkan v Pelhřimově v letech 1700 až 1800 – duchovní nebo úředník?“
Poděbrady, květen 2006, mezinárodní konference „Tajní nekatolíci v Čechách v 18. století. Mezi pronásledováním a náboženskou tolerancí“ pořádaná FSS a FF UK Praha. „Agenda pravitatis hereticorum z jihovýchodních Čech jako pramen pro studium tajného nekatolictví v 18. století.“
9.3. Vyžádané přednášky v zahraničí
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Čechy a Halič jako dvě korunní země v rámci Habsburské monarchie. Vzájemné srovnání. UMCS Lublin, Lublin, Polsko, 25. května 2017.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. České výzkumy v oblasti středověké a novověké diplomatiky, retrospektiva a současný stav bádání. UMCS Lublin, Lublin, Polsko, 24. května 2017.
MARTÍNKOVÁ, Lenka. Stav a perspektivy českého archivnictví a předpoklady dalšího vývoje v 21. století. Archiv panstwowy v Lublinie, Lublin, Polsko, 23. května 2017.
10. Ostatní
Přednášky na vyžádaná témata v Muzeu Vysočiny Pelhřimov a v Muzeu Vysočiny Jihlava, na Gymnáziu Pelhřimov, v Městské knihovně Pelhřimov
Kurzy CŽV na FF JU (dějiny správy, historická geografie)
