1. Odborné monografie
NOVOTNÝ, Miroslav (ed.). Velké dějiny zemí Koruny české. Tematická řada, sv. VII. Školství a vzdělanost, Praha: Paseka 2020. 723 s. ISBN 978-820-7432-985-2.
BERNÁŠEK, Bohumír – DUDA Zdeněk a kol. Jitex*70. 1949–1989. Písek: Prácheňské muzeum, 2019. 195 stran – spoluautor s. 94–103. ISBN 978-80-86193-68-7.
Novotný, Miroslav – SVOBODA, Rudolf – Martínková, Lenka – VEBER, Tomáš – RYANTOVÁ, Marie. Die Diözese Budweis in den Jahren 1785–1850. Das Aschenputtel unter den Diözesen. Berlin – Bern – Bruxelles – New York – Oxford – Warszawa – Wien: Peter Lang, 2018. 248 stran. ISBN 978-3-631-71853-7, ISSN 0946-8803.
Novotný, Miroslav – VEBER, Tomáš. Bohomluvci, vlastimilové, těšitelé. Výchova a vzdělání duchovních v českobudějovické diecézi v letech 1803–1850. Praha: Vyšehrad, 2016 (vyšlo 2017). 256 stran. ISBN 978-80-7429-885-1.
NOVOTNÝ, Miroslav a kol. Dějiny vyššího školství a vzdělanosti na jihu Čech od středověkých počátků do současnosti, České Budějovice: Jihočeská universita, 2006. 264 stran. ISBN 80-7040-883-9 (autorsky se podílel Bohumil Jiroušek a Jiří Dvořák, s. 177–188, 194–211 a 216–221).
Historický atlas měst České republiky. Svazek č. 11 Český Krumlov. Praha – České Budějovice: Historický ústav AV ČR, 2002. 16+XI stran. ISBN 80-7286-031-3 (spoluautor textu a autor 3 rekonstrukčních map).
Historický atlas měst České republiky. Svazek č. 3 České Budějovice. Praha – České Budějovice: Historický ústav AV ČR, 1996. 10 stran. ISBN 80-85268-46-9 (spoluautor textu).
2. Kapitoly v odborných monografiích
NOVOTNÝ, Miroslav. Jan Zátka (1802–1881). Bolzanovec. In: FASORA, Lukáš – HANUŠ, Jiří – PAVLÍČEK, Tomáš W. (edd.). Kněžské identity v českých zemích (1820–1938). Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2017, s. 31–48. ISBN 978-80-7422-567-3.
Dvořák, Jiří – Novotný, Miroslav. Počátky píseckého školství. In: Almanach. 130 let českého lesnického školství v Písku 1885–2015, VOŠL a SLŠ Bedřicha Schwarzenberga. Písek: VOŠL a SLŠ Bedřicha Schwarzenberga, Sdružení absolventů a přátel lesnických škol píseckých, Nadační fond VOŠL a SLŠ Písek, 2015, s. 23–42.
NOVOTNÝ, Miroslav. České střední školy v Českých Budějovicích v době Velké války. In: Maloň, Lubor (ed.), Škola a Velká válka, Přerov: Muzeum Komenského v Přerově, 2014, s. 105–115. ISBN 978-80-87190-31-9.
NOVOTNÝ, Miroslav. Laické mariánské družiny ve středních Čechách ve 2. polovině 19. a v 1. polovině 20. století. In: Holubová, Markéta – Suchomelová, Marcela (eds.). Salve Regina, Mariánská úcta ve středních Čechách. Praha: Etnologický ústav AV ČR – SOA Praha, 2014, s. 269–284. ISBN 978-80-87112-88-5, ISBN 987-80-86772-80-6.
NOVOTNÝ, Miroslav. Zdeněk Kalista a Itálie. In: Jiroušek, Bohumil – Rauchová, Jitka a kol. Věda, kultura a politika v československo-italských vztazích 1918–1951. České Budějovice: Jihočeský sborník historický 81, 2012 – Supplementum 4, s. 443–451. ISSN 0323-004X, ISBN 978-80-87311-27-1.
NOVOTNÝ, Miroslav. Poslední Rožmberkové v průsečících náboženských světů. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Světy posledních Rožmberků. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2011, s. 347–364. ISBN 978-80-7422-092-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. Na farách. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Světy posledních Rožmberků. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2011, s. 364–377. ISBN 978-80-7422-092-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. V konventech. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Světy posledních Rožmberků. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2011, s. 377–392. ISBN 978-80-7422-092-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. Ve školách. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Světy posledních Rožmberků. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2011, s. 392–405. ISBN 978-80-7422-092-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. Druhý život posledních Rožmberků v barokních legendách a kronikách. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Světy posledních Rožmberků. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2011, s. 594–604. ISBN 978-80-7422-092-0.
NOVOTNÝ, Miroslav – GAŽI, Martin – RYANTOVÁ, Marie. Duchovenstvo. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Společnost českých zemí v raném novověku. Struktury, identity, konflikty. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2010, s. 101–119 a 298–356. ISBN 978-80-7422-062-3.
NOVOTNÝ, Miroslav – GAŽI, Martin – RYANTOVÁ, Marie. Duchovenstvo ve vzájemných konfliktech. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Společnost českých zemí v raném novověku. Struktury, identity, konflikty. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2010, s. 521–534. ISBN 978-80-7422-062-3.
NOVOTNÝ, Miroslav – GAŽI, Martin – RYANTOVÁ, Marie. Konflikty duchovenstva ve společnosti raného novověku. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Společnost českých zemí v raném novověku. Struktury, identity, konflikty. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2010, s. 614–643. ISBN 978-80-7422-062-3.
Bůžek, Václav – Dibelka, Jaroslav – Hrdlička, Josef – KRÁL, Pavel – NOVOTNÝ, Miroslav. Společnost raného novověku v pomalu plynoucím čase změn. In: Bůžek, Václav a kolektiv. Společnost českých zemí v raném novověku. Struktury, identity, konflikty. Praha: Nakladatelství Lidové noviny, 2010, s. 676–701. ISBN 978-80-7422-062-3.
NOVOTNÝ, Miroslav. Výchova diecézního kléru v českých zemích v letech 1848–1918. Na příkladu českobudějovického teologického institutu a biskupského semináře. In: Mačala, Pavol – MAREK, Pavel – HANUŠ, Jiří (eds.). Církve 19. a 20. století ve slovenské a české historiografii. Brno: Centrum pro studium demokracie a kultury, 2010, s. 105–120. ISBN 978-80-7325-218-2.
NOVOTNÝ, Miroslav. Dějiny školství a vzdělanosti v české marxistické historiografii. In: Jiroušek, Bohumil a kol. Proměny diskursu české marxistické historiografie. Kapitoly z historiografie 20. století. České Budějovice – Pelhřimov: Jihočeská universita – Nová tiskárna, 2008, s. 365–379. ISBN 978-80-7394-114-7.
NOVOTNÝ, Miroslav. Děti státu. Školství v českých zemích mezi reformou a tradicí. In: Lorman, Jaroslav – Tinková, Daniela (edd.). Post tenebras spero lucem. Duchovní tvář českého a moravského osvícenství, Praha: FF UK – Casablanca, 2008, s. 164–182. ISBN 978-80-7308-246-8, ISBN 978-80-903756-6-6.
NOVOTNÝ, Miroslav. Duchovní. In: Bůžek, Václav – Král, Pavel (edd.). Člověk českého raného novověku. Praha: Argo, 2007, s. 111–138. ISBN 978-80-7203-694-3.
Bůžek, Václav – NOVOTNÝ, Miroslav. Mecenáši. In: Bůžek, Václav – Hrdlička, Josef a kol. Dvory velmožů s erbem růže. Všední a sváteční dny posledních Rožmberků a pánů z Hradce. Praha: Mladá fronta, 1997, s. 150–160. ISBN 80-204-0651-4.
Hrdlička, Josef – NOVOTNÝ, Miroslav. Náboženství, církve, kostely a řeholní řády. In: Bůžek, Václav – Hrdlička, josef a kol. Dvory velmožů s erbem růže. Všední a sváteční dny posledních Rožmberků a pánů z Hradce. Praha: Mladá fronta, 1997, s. 208–218. ISBN 80-204-0651-4.
NOVOTNÝ, Miroslav. Jezuita. In: Bůžek, Václav – Hrdlička, josef a kol. Dvory velmožů s erbem růže. Všední a sváteční dny posledních Rožmberků a pánů z Hradce. Praha: Mladá fronta, 1997, s. 263–265. ISBN 80-204-0651-4.
Bůžek, Václav – Grulich, Josef – NOVOTNÝ, Miroslav. Grenze in der Frühen Neuzeit. Kristallisationsraum einer länderübergreifenden Politik und Kultur des Adels und des Bürgertums. In: Komlosy, Andrea – Bůžek, Václav – Svátek, František (edd.). Kulturen an der Grenze. Südböhmen – Südmähren – Waldviertel – Weinviertel. Wien: Promedia, 1995, s. 51–58. ISBN 3-900478-95-3.
Bůžek, Václav – Grulich, Josef – NOVOTNÝ, Miroslav. Život na česko-moravsko-rakouské hranici v raném novověku. Regionální rovina středoevropské integrace v politice a kultuře. In: Komlosy, Andrea – Bůžek, Václav – Svátek, František (edd.). Kultury na hranicích. Jižní Čechy – Jižní Morava – Waldviertel – Weinviertel. Wien: Promedia, 1995, s. 47–54. ISBN
3.2 Články v domácích recenzovaných časopisech
NOVOTNÝ, Miroslav – VEBER, Tomáš. „Poutníci z lásky k učení?“ Řeholní scholastici na cestách v 18. a 19. století. Marginalia Historica 2018, 9, č. 1, s. 129–147.
NOVOTNÝ, Miroslav. Škola – město – region. Regionálně zaměřený výzkum dějin školství a vzdělanosti v českých zemích po roce 1989. Acta Universitatis Carolinae – Historia Universitatis Pragensis 2018, 58, č. 2, s. 69–76.
NOVOTNÝ, Miroslav. Jan Hus a české národní školy v letech 1867–1918. Studia theologica zima 2015, 17, č. 4, s. 85–99. ISSN 1212-8570.
NOVOTNÝ, Miroslav. Řeholní učitelé na středních školách v českých zemích ve druhé polovině 18. a v první polovině 19. století (na příkladu Českých Budějovic). Marginalia Historica 2015, 6, č. 2, s. 103–117. ISSN 1804-5367.
NOVOTNÝ, Miroslav – VEBER, Tomáš. Ze mlýna, tkalcovny či od řeznického špalku ke kněžské sutaně. Formování drobné kněžské inteligence na jihu Čech v 1. polovině 19. století. Cornova 2015, 5, č. 2, s. 19–33. ISSN 1804-6983.
NOVOTNÝ, Miroslav. Výchova a vzdělání kněží v diecézních seminářích v Čechách ve druhé polovině 18. a v první polovině 19. století. Historie - Otázky - Problémy 2009, 1, č. 2 (Od barokní piety k interiorizaci víry? Problémy katolického osvícenství), s. 119–132. ISSN 1804-1132 (vyšlo 2010).
Bůžek, Václav – Doležal, Stanislav – Hrdlička, Josef – NOVOTNÝ, Miroslav – Smíšek, Rostislav. Jezuitská divadelní hra Rosa Novodomensis. Zlatá a červená pětilistá růže na zlatých hroudách jako nástroje tvorby mýtu. Opera historica 2009, 13, s. 263–305. ISBN 978-80-7394-183-3.
NOVOTNÝ, Miroslav. Řeholní kongregace v Čechách na přelomu 19. a 20. století v kontextu proměn náboženského milieu. Theatrum historiae 2008, 3, s. 307–320. ISBN 978-80-7395-139-9, ISSN 1802-2502.
NOVOTNÝ, Miroslav. Socioprofesní a teritoriální stratifikace studentů českobudějovických vyšších a středních škol v první polovině 19. století. Historická demografie 2007, 31, s. 117–146. ISBN 978-80-7330-123-1, ISSN 0323-0937.
NOVOTNÝ, Miroslav. Jezuité a rekatolizace na Jindřichohradecku v první polovině 17. století. Studia Comeniana et historica 2006, 36, č. 75–76, s. 161–171. ISSN 0323-2220.
NOVOTNÝ, Miroslav. Habsburkové ve světle českých mýtů a stereotypů. Opera historica 2006, 11, s. 103–119. ISBN 80-7040-882-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. Dějiny Jihočeské univerzity. Příprava projektu dějin vyššího školství v jižních Čechách. Rozpravy Národního technického muzea 2005, sv. 193, Řada Dějiny vědy a techniky 13, s. 89–91. ISBN 80-7037-141-2.
NOVOTNÝ, Miroslav. Mariánské družiny na jihu Čech od konce 16. do počátku 20. století. Jihočeský sborník historický 2002, 71, s. 5–43. ISBN 80-86260-18-6, ISSN 0323-004X.
NOVOTNÝ, Miroslav. Jindřichohradecká kolej Tovaryšstva Ježíšova v letech 1594–1618. Opera historica 1998, 6, s. 371–385. ISBN 80-7040-267-9.
NOVOTNÝ, Miroslav. Školství v jižních Čechách v době posledních Rožmberků. Opera historica 1993, 3, s. 243–255. ISBN 80-7040-073-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. Nižší školy na třeboňském panství ve světle školních fasí druhé poloviny 18. století. Opera historica 1995, 4, s. 195–203. ISBN 80-7040-139-7.
NOVOTNÝ, Miroslav. Komenský a vychovatelské systémy v předchozí české tradici. Studia Comeniana et historica 1987, 17, s. 69–76.
NOVOTNÝ, Miroslav. Snahy o reorganizaci a unifikaci městského školství v Čechách v 16. a na počátku 17. století. Pedagogika 1986, 36, s. 55–69.
4. Články ve sbornících
NOVOTNÝ, Miroslav. Jihočeské kořeny Karla Kazbundy. In: Karel Kazbunda, kulturní dědictví a mezinárodní právo (= Z Českého ráje a Podkrkonoší 2013 – Supplementum 16). Semily – Turnov – Jičín: SOkA Semily a Pekařova společnost Českého ráje v Turnově, 2013, s. 21–33. ISBN 978-80-86254-28-9, ISSN 1211-975X.
NOVOTNÝ, Miroslav. Českobudějovické piaristické gymnázium a utváření vrstvy moderní inteligence na jihu Čech (1762–1848). In: Město a intelektuálové od středověku do roku 1848 (= Documenta Pragensia 27). Praha: Archiv HMP, 2008, s. 935–951. ISBN 0231-7494.
NOVOTNÝ, Miroslav. Školství na jihu Čech v době Josefa Vlastimila Kamarýta. In: Krejča, František – Podlešák, Jan (edd.). Josef Vlastimil Kamarýt. Život – dílo – doba. České Budějovice: Město Velešín a Jihočeské muzeum, 2008, s. 41–57. ISBN 978-80-254-1938-0.
NOVOTNÝ, Miroslav. Heretici, konvertité, hříšníci a posedlí na Jindřichohradecku v první polovině 17. století ve světle kroniky tamní jezuitské koleje. In: Čornejová, Ivana – Kuchařová, Hedvika – Valentová, Kateřina (edd.). Locus pietatis et vitae, Praha: Universita Karlova a Scriptorium, 2008, s. 335–350. ISBN 978-80-86197-39-5.
NOVOTNÝ, Miroslav. Pod praporem Královny nebes. Pietas Mariana a mariánské družiny v českých zemích v 16.–19. století. In: Jiránek, Tomáš – Kubeš, Jiří (edd.), Bratrstva. Světská a církevní sdružení a jejich role v kulturních a společenských strukturách od středověku do moderní doby (= III. pardubické bienále, 29.–30. dubna 2004). Pardubice: Universita Pardubice, 2005, s. 89–102. ISBN 80-7194-772-5.
NOVOTNÝ, Miroslav. Südböhmens Genius loci – Inspirator für tschechische Kunst und Wissenschaft. In: Renöckl, Helmut – Machula, Tomáš (Hg.). Zukunftsregion Südböhmen – Mitteleuropa. Dimensionen menschenwürdiger Regionalentwicklung. České Budějovice/Budwies – Linz – Passau: 2004, s. 188–194. ISBN: Trauner: 3-85487-565-7; ISBN: Duschl: 3-937438-04-1.
NOVOTNÝ, Miroslav. Genius loci jižních Čech jako významná inspirace umění a vědy. In: Renöckl, Helmut – Machula, Tomáš (usp.), Region budoucnosti jižní Čechy – střední Evropa. Dimenze lidsky důstojného regionálního rozvoje, České Budějovice: Jihočeská universita, 2004, s. 177–182. ISBN 80-7040-665-8.
NOVOTNÝ, Miroslav. Českobudějovická diecéze v kontextu proměn církevní správy v českých zemích v 18.–20. století. In: Vývoj církevní správy na Moravě (= XXVII. Mikulovské symposium 2002). Brno: Moravský zemský archiv, SOkA Břeclav, Muzejní a vlastivědná společnost v Brně, 2003, s. 169–180. ISBN 80-85048-84X.
NOVOTNÝ, Miroslav. Espaňa y los países checos en los siglos XVI–XVIII. In: La literatura espaňola de los siglos XVI-XVIII en las bibliotecas de Chequia, Moravia y Eslovaquia (= Opera romanica 3), České Budějovice: Jihočeská universita, 2002, s. 9–26. ISBN 80-7040-632-1.
NOVOTNÝ, Miroslav. Páni z Hradce a jindřichohradecké konventy. In: Ve stopách sv. Benedikta (= Disputationes Moravicae 3). Brno: Matice moravská a Západomoravské muzeum v Třebíči, 2002, s. 123–133. ISBN 80-86488-09-8.
NOVOTNÝ, Miroslav. Antonín Jaroslav Puchmajer a jižní Čechy. In: Jeden jazyk naše heslo buď I. Antonín Jaroslav Puchmajer. Radnice–Plzeň: Spolek divadelních ochotníků, Studijní a vědecká knihovna Plzeňského kraje, 2001 (2002), s. 117–125. ISBN 80-85093-68-5.
NOVOTNÝ, Miroslav. Českobudějovičtí vysokoškoláci a Pražské jaro. In: Česká věda a Pražské jaro 1963–1970 (= Práce z dějin vědy 2001, sv. 2). Praha: Ústav dějin UK a Archiv UK, 2001, s. 387–396. ISBN 80-246-0374-8.
NOVOTNÝ, Miroslav. Mariánská družina učitelek a kandidátek při kostele Božského Srdce Páně v Českých Budějovicích (Mariánské družiny v Českých Budějovicích v první polovině 20. století). In: Od středověkých bratrstev k moderním spolkům (= Documenta Pragensia 18), Praha: Archiv HMP a Scriptorium, 2000, s. 281–294. ISBN 80-86197-21-2, ISSN 0231-7443.
NOVOTNÝ, Miroslav. Kolej Tovaryšstva Ježíšova v Jindřichově Hradci v letech 1594–1648. In: Minulost, současnost a budoucnost gymnazijního vzdělávání (= Z Českého ráje a Podkrkonoší 2000 – 5. Supplementum). Semily: Státní okresní archiv, 2000, s. 129–138. ISBN 80-86254-02X, ISSN 1211-975X.
NOVOTNÝ, Miroslav. Příprava učitelů v Českých Budějovicích a její proměny v letech 1945–1963. In: Věda v Československu v letech 1953–1963 (= Práce z dějin vědy 2000, sv. 1). Praha: Archiv Akademie věd ČR, 2000, s. 103–109. ISBN 80-86404-00-5, ISSN 1213-1199.
Bůžek, Václav – NOVOTNÝ, Miroslav. Labyrint doby Komenského. In: Traditio lampadis, České Budějovice: Jihočeská universita, 1993, s. 5–30. ISBN 80-7040-029-3.
NOVOTNÝ, Miroslav. Komenský a české předbělohorské školství. In: Traditio lampadis, České Budějovice, 1993, s. 47–60. ISBN 80-7040-029-3.
5.1. Učební texty
Bůžek, Václav a kolektiv. Úvod do studia historie. České Budějovice: Jihočeská universita, 1994, 88 s. (autor textů na s. 37–45, 47–51, 63–65, 76–78 a 80). ISBN 80-7040-063-3.
Bůžek, Václav – NOVOTNÝ, Miroslav a kol. Teoretické problémy evropských dějin v přechodném období od feudalismu ke kapitalismu. České Budějovice: Pedagogická fakulta, 1989, 210 s. (autor textů na s. 4–6, 60–82, 83–105 a 175–210). ISBN 80-7040-012-9.
Bůžek, Václav – NOVOTNÝ, Miroslav. Třídní boje poddaných na jihu Čech v období vrcholného a pozdního feudalismu (konec 14. stol. – 1848). In: Výběr z pramenů k výuce československých dějin. České Budějovice: Pedagogická fakulta, 1988, s. 1–54.
6. Popularizační texty, výstavní katalogy a TV pořady
Svatý Jan Nepomuk Neumann. Hraný dokument o životě českého katolického misionáře, čtvrtého filadelfského biskupa a druhého amerického světce. TV NOE, Ostrava, ČR a Eternal World Television Network, Irondale, Alabama, USA. Vysíláno: NOE: 1. 1. 2016 ve 20.00 a 2. 1. 2016 v 16.00; EWTN: září 2015.
NOVOTNÝ, Miroslav. Proč byly založeny České Budějovice?, Journal 2015, č. 9, s. 17. ISSN 2336-2170.
Novotný, Miroslav – RAUCHOVÁ, Jitka. Renesanční kavalír i nevázaný bonviván. Druhý život Petra Voka z Rožmberka a jeho proměny. Dějiny a současnost 2011, 33, č. 4, s. 41–43. ISSN 0418-5129.
NOVOTNÝ, Miroslav. Církevní správa. Školství. In: Katalog výstavy Po stopách společné historie. Nové Hrady 14. 8. – 30. 10. 2009. Nové Hrady: 2009, s. 44–46 a 49–50.
NOVOTNÝ, Miroslav. Kirchenverwaltung. Schulwesen. In: Ausstellungskatalog. Auf Spuren der Gemeinsamen Geschichte, Nové Hrady 14. 8. – 30. 10. 2009. Nové Hrady: 2009, s. 44–46 a 49–50.
Novotný, Miroslav. Getsemanští bratři přišli do Čech z Vídně. Mladá fronta Dnes, 9. 3. 2001.
Novotný, Miroslav. Servité přišli do Nových Hradů s Buquoyem. Mladá fronta Dnes, 23. 2. 2001.
Novotný, Miroslav. Salesiáni působí na jihu Čech až od 80. let. Mladá fronta Dnes, 16. 2. 2001.
Novotný, Miroslav. Redemptoristé přišli na pozvání biskupa Jirsíka. Mladá fronta Dnes, 9. 2. 2001.
Novotný, Miroslav. Generálem karmelitánského řádu byl Slavata. Mladá fronta Dnes, 2. 2. 2001.
Novotný, Miroslav. Paulánský konvent v Kuklově stihla pohroma. Mladá fronta Dnes, 26. 1. 2001.
Novotný, Miroslav. Školské sestry de Notre Dame na jihu Čech. Mladá fronta Dnes, 19. 1. 2001.
Novotný, Miroslav. Piaristé významně přispěli k vzdělanosti. Mladá fronta Dnes, 12. 1. 2001.
Novotný, Miroslav. Petrinky se zapsaly do historie Budějovic. Mladá fronta Dnes, 5. 1. 2001.
Novotný, Miroslav. České Budějovice hostily kapucínský konvent. Mladá fronta Dnes, 22. 12. 2000.
Novotný, Miroslav. Kongregace petrinů vznikla v Budějovicích. Mladá fronta Dnes, 15. 12. 2000.
Novotný, Miroslav. Milosrdné sestry zasvětily život charitě. Mladá fronta Dnes, 8. 12. 2000.
Novotný, Miroslav. Jihočeské rezidence a statky Tovaryšstva Ježíšova. Mladá fronta Dnes, 1. 12. 2000.
Novotný, Miroslav. U zrodu poutní tradice v Římově stáli jezuité. Mladá fronta Dnes, 24. 11. 2000.
Novotný, Miroslav. Jezuité nacházeli azyl v Jindřichově Hradci. Mladá fronta Dnes, 27. 10. 2000.
Novotný, Miroslav. První jezuitská kolej vznikla v Krumlově. Mladá fronta Dnes, 20. 10. 2000.
Novotný, Miroslav. Jezuité významně ovlivnili církev i kulturu. Mladá fronta Dnes, 13. 10. 2000.
NOVOTNÝ, Miroslav Zdeněk Kalista – historik českého baroka. In: Tvář ze stínu – Zdeněk Kalista. Výstava k nedožitým 95. narozeninám básníka avantgardy, historika a vězně svědomí. České Budějovice: Státní vědecká knihovna, 1995, [nestránkováno – 14 s.], 2 s..
Novotný, Miroslav. Komenský a my. Deník Jihočeská pravda, 28. 3. 1992.
Novotný, Miroslav. Václav Kaplický. Jihočeská pravda, 7. 10. 1988.
Novotný, Miroslav. František M. Bartoš. Jihočeská pravda, 24. 6.1988.
7. Redakční činnost a encyklopedie
Encyklopedie Českých Budějovic. České Budějovice: Statutární město České Budějovice, 2014. http://encyklopedie.c-budejovice.cz (internetová verze; editor, autor 70 a spoluautor 130 hesel).
Kopáček, Jiří – Novotný, Miroslav – Sak, Robert – Šilhan, Milan (edd.). Encyklopedie Českých Budějovic. 2. doplněné a rozšířené vydání. České Budějovice: Statutární město České Budějovice, 2006, 671 stran (též autor 48 samostatných hesel a spoluautor 15 hesel: s. 45–47, 58–59, 64–67, 77–78, 81, 89–96, 100, 126, 144–147, 157–159, 176, 192–194, 205–207, 209, 213–214, 237–240, 243, 246–248, 270, 281–282, 293–294, 316–318, 325–328, 346, 369–372, 383, 396–399, 435, 447, 457–458, 481–482, 486–487, 502–507, 519–520, 540–541, 547, 549–552, 568–569, 575–576, 581–582, 590–592, 595–597, 611–612, 620, 623–624). ISBN 80-239-6706-1.
Kopáček, Jiří – Novotný, Miroslav – Pletzer, Karel – Sak, Robert (edd.). Encyklopedie Českých Budějovic. České Budějovice: Statutární město České Budějovice, 1998, 589 stran (též autor 37 samostatných hesel a spoluautor 7 hesel: s. 41–42, 56–59, 69, 80–87, 90, 112, 129–132, 156–157, 170, 182–184, 190–191, 215, 221–222, 262–263, 285–286, 288, 293–296, 331–333, 354, 356, 358–359, 392, 411, 431–433, 437, 439, 450, 453–457, 487, 489–492, 504–505, 510–511, 515, 523–524, 527–529, 548–549). ISBN 80-238-3392-8.
8. Recenze
Novotný, Miroslav. Josefinista na českobudějovickém biskupském stolci. Rudolf Svoboda, Arnošt Konstantin Růžička. Josefinista na českobudějovickém biskupském stolci, Nakladatelství JIH, edice Středoevropské dějiny, sv. 4, České Budějovice 2012, 244 s., ISBN 978-80-86266-57-2. In: Cornova 2015, 1, s. 130–134.
Novotný, Miroslav. Nové příspěvky k dějinám českobudějovické diecéze. Rudolf Svoboda, Počátky českobudějovické diecéze, Vyšehrad, Praha 2014, 264 s., ISBN 978-80-7429-596-6. In: Jihočeský sborník historický 2015, 84, s. 501–506.
Grulich, Josef – Novotný, Miroslav. Tomáš Bavorovský – Bronislav Chocholáč – Pavel Pumpr (edd.), Peníze nervem společnosti. K finančním poměrům na Moravě od poloviny 14. do počátku 17. století, Brno, Matice moravská a Výzkumné středisko pro dějiny střední Evropy: prameny, země, kultura, 2007, 423 s. In: Český časopis historický 2010, 108, s. 519–523.
Novotný, Miroslav. Karel Černý – Jiří M. Havlík, Jezuité a mor, Praha, Nakladatelství Lidové noviny 2008, Knižnice Dějin a současnosti 34. svazek, 214 s. In: Časopis Matice moravské 2009, 128, č. 2, s. 515–521.
Novotný, Miroslav. Čeští nekatolíci v 18. století. Mezi pronásledováním a náboženskou tolerancí, ed. Zdeněk R. Nešpor, Ústí nad Labem 2007, 449 stran, 21 stran barevných a černobílých příloh. In: Studia Comeniana et historica 2007, 37, č. 77–78, s. 224–227.
Novotný, Miroslav. Rudolf Zuber, Osudy moravské církve v 18. století II. díl. Matice cyrilometodějská, Olomouc 2003, 605 s. textu, 24 stran černobílých a obrazových příloh, samostatně vložená mapa diecéze z roku 1762. K vydání připravili Vojtěch Cekota a Miloš Kouřil. In: Jihočeský sborník historický 2004, 73, s. 247–250.
Novotný, Miroslav. Historik zapomenutých dějin. Sborník příspěvků věnovaných prof. dr. Eduardu Maurovi, k vydání připravily Marie Koldinská a Alice Velková, Praha 2003, 331 s. In: Jihočeský sborník historický 2004, 73, s. 268–270.
Novotný, Miroslav. Miloš Drda – František J. Holeček – Zdeněk Vybíral (edd.), Jan Hus na přelomu tisíciletí. Mezinárodní rozprava o českém reformátoru 15. století a o jeho recepci na prahu třetího milénia. Papežská lateránská univerzita Řím, 15.–18. prosince 1999, Tábor 2001 (= Husitský Tábor. Sborník Husitského muzea – supplementum 1), 707 s. textu, 81 s. barevných a černobílých příloh. In: Jihočeský sborník historický 2003, 72, s. 229–233.
Novotný, Miroslav. Josef Macek, Víra a zbožnost jagellonského věku. Argo, edice Každodenní život svazek 9, Praha 2001, 488 s. In: Jihočeský sborník historický 2002, 71, s. 242–244.
Novotný, Miroslav. Sláva barokní Čechie. Stati o umění, kultuře a společnosti 17. a 18. století. Ed. Vít Vlnas, Národní galerie v Praze 2001, 354 s., 150 černobílých i barevných obrazových příloh a Sláva barokní Čechie. Umění, kultura a společnost 17. a 18. století. Ed. Vít Vlnas, Národní galerie v Praze 2001, 588 s. In: Jihočeský sborník historický 2002, 71, s. 246–248.
Novotný, Miroslav. Malé ohlédnutí za rokem českého baroka, aneb Když dva dělají totéž… In: Jihočeský sborník historický 2002, 71, s. 282–285.
Novotný, Miroslav. Emanuel Chalupný, česká kultura, česká sociologie a Tábor. Sborník příspěvků ze stejnojmenného symposia, konaného ve dnech 2.–3. října 1998 v Táboře. K vydání připravil Josef Zumr. Studie a prameny k dějinám myšlení v českých zemích, sv. 5, Filosofia, Praha 1999, 392 s., 11 černobílých obrazových příloh. In: Jihočeský sborník historický 2001, 70, s. 220–221.
Novotný, Miroslav. Život na dvorech barokní šlechty (1600-1750), Opera historica 5, České Budějovice 1996, 664 s. In: Jihočeský sborník historický 66–67, 1997–1998, s. 193–194.
Novotný, Miroslav. Václav Bůžek – Anna Kubíková – Jiří Záloha: Baroko v Českém Krumlově, Třeboň 1995 (pro Okresní vlastivědné muzeum v Českém Krumlově), 40 s. In: Jihočeský sborník historický 1995, 64, s. 242–243.
Novotný, Miroslav. Zdeněk Kalista: Století andělů a ďáblů. Jihočeský barok. Edd. Zuzana Pokorná a Vít Vlnas, Praha – Jinočany 1994, 352 s. In: Jihočeský sborník historický 1995, 64, s. 241–242.
Novotný, Miroslav. Ohlédnutí za nepomucenským výročím. In: Jihočeský sborník historický 1994, 63, s. 214–216.
Novotný, Miroslav. Kontakte und Konflikte. Böhmen, Mähren und Österreich: Aspekte eines Jahrtausends gemeinsamer Geschichte. Referate des Symposiums „Verbindendes und Trennendes an der Grenze III“ vom 24. Bis 27. Oktober 1992 in Zwettl. Herausgegeben von Thomas Winkelbauer, Waldviertel Heimatbund, Horn – Weidhofen an der Thaya 1993, 553 s. In: Jihočeský sborník historický 1994, 63, s. 217–218.
Novotný, Miroslav. Kultura baroka v Čechách a na Moravě. Sborník příspěvků z pracovního zasedání 5. 3. 1991, usp. Zdeněk Hojda. Práce Historického ústavu ČAV, Řada C-Miscellanea, sv. 6, Praha 1992, 165 s. In: Jihočeský sborník historický 1993, 62, s. 252–253.
Novotný, Miroslav. Spojující a rozdělující na hranici – Verbindendes und Trennendes an der Grenze. Opera historica 2, České Budějovice (Editio Universitatis Bohemiae Meridionalis)1992, 171 s. In: Jihočeský sborník historický 62, 1993, s. 244–246.
Novotný, Miroslav. Kultura každodenního života českých a moravských měst v předbělohorské době. Opera historica 1, České Budějovice (Editio Universitatis Bohemiae Meridionalis) 1991, 197 s. In: Jihočeský sborník historický 1993, 62, s. 244–246.
Novotný, Miroslav. Rapports, co-rapports, communications tchécoslovaques pour le VIe congres de l‘Association internationale d‘Etudes du Sud-Est Européen. In: Jihočeský sborník historický 1990, 59, č. 1, s. 61–62.
Novotný, Miroslav. Z kralické tvrze. Sborník Muzejního spolku pro uchování bratrských památek a tisků 11/1984 – 13/1986. In: Studia Comeniana et historica 1988, 18, č. 35, s. 139–140.
Novotný, Miroslav. Jaroslav Pánek: Výprava české šlechty do Itálie v letech 1551–1552, Praha 1987. In: Folia historica Bohemica 1988, 12, s. 418–422.
Novotný, Miroslav. Václav Březan: Životy posledních Rožmberků I–II. K vydání připravil a kritickým aparátem opatřil Jaroslav Pánek, Praha 1985. In: Studia Comeniana et historica 1987,17, č. 33, s. 124–127.
9.1. Referáty na mezinárodních konferencích v zahraničí
2016, 24. – 27. 8.: University of Helsinki, Finland – 13th International Conference on Urban History, Europaen Association of Urban History: Reinterpreting Cities. Session M02: Rethinking Towns and Universities – Old and New Methodological Approaches;
ref.: A Long Way to Establish University of South Bohemia. The Tradition and Roots of University Education in South Bohemia.
2009, 22. – 24. 4.: Katolícka univerzita v Ružomberku, Slovensko – Církve 19. a 20. století ve slovenské a české historiografii; Filozofická fakulta Katolícké univerzity Ružomberok, Filozofická fakulta Univerzity Palackého Olomouc, Centrum pro studium demokracie a kultury Brno; ref.: Výchova diecézního kléru v českých zemích v letech 1848-1818 (na příkladu českobudějovického teologického institutu a biskupského semináře).
2002, 9. 11.: Eibestein, Nieder Österreich – Historische Traumata – Österreich – Tschechien; Waldviertel Akademie; ref.: Habsburgs in der tschechischen Geschichte.
9.2. Referáty na mezinárodních konferencích v ČR
2005, 12. – 13. 10.: Uherský Brod – XXV. mezinárodní komeniologické kolokvium: Jezuitské školství v době protireformace, země Koruny české a střední Evropa; Muzeum J. A. Komenského v Uherském Brodě; ref.: Jindřichohradečtí jezuité a rekatolizace.
2002, 26. – 28. 4.: České Budějovice – Mezinárodní kongres Region budoucnosti jižní Čechy – střední Evropa. Dimenze lidsky důstojného regionálního rozvoje; Jihočeská universita, Jihočeský kraj, Statutární město České Budějovice; ref.: Genius loci jižních Čech jako významná inspirace umění a vědy.
2002, 1. – 3. 7.: Český Krumlov – Mezinárodní konference Španělská literatura 16.–18. století v českých, moravských a slovenských knihovnách; Pedagogická fakulta Jihočeské university, Jihočeské muzeum České Budějovice; ref.: Španělsko a české země v 16.–18. století.
1999, 5. – 6. 10.: Praha – XVII. vědecká konference Archivu HMP: Od středověkých bratrstev k moderním spolkům; Archiv HMP, Ost- und Südeuropa Institut Wien – Institut mezinárodních studií FSV UK Praha; ref.: Mariánská družina učitelek a kandidátek při kostele Božského Srdce Páně v Českých Budějovicích.
1997, 24. 4.: Jindřichův Hradec – I. mezinárodní seminář projektu Výchova k evropanství; Fakulta managementu Jihočeské university Jindřichův Hradec a Johannes Kepler Universität Linz; ref.: Sjednocená Evropa – minulost a budoucnost z českého pohledu.
1992, 14. – 16. 10.: Český Krumlov – I. českokrumlovské mezinárodní vědecké sympózium: Život na dvoře a v rezidenčních městech posledních Rožmberků; Jihočeská universita v Českých Budějovicích a Historický ústav ČSAV Praha; ref.: Jihočeské školství v době posledních Rožmberků.
1985, 24. – 26. 9.: Uherský Brod – XII. mezinárodní komeniologické kolokvium: Komenský a výchovné systémy dneška; Muzeum J. A. Komenského v Uherském Brodě; ref.: Komenský a vychovatelské systémy v předchozí české tradici.
10. Ostatní (Vyžádané přednášky a konference v ČR)
Novotný, Miroslav. Z dějin českobudějovického školství. Historický klub při Jihočeském muzeu, 8. června 2015, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Z duchovních dějin Českých Budějovic. Historický klub při Jihočeském muzeu, 26. října 2015, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Trůn a oltář. Habsburkové v českých dějinách. Historický ústav Jihočeské university, 7. října 2003, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Vývoj moderní evropské integrace (historický exkurs). Pedagogické centrum, 1. 4. 2003, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Habsburkové ve světle mýtů a stereotypů. Habsburkové v českých dějinách. Historický ústav Jihočeské university, 18. února 2003, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Víra a zbožnost doby baroka. Alšova jihočeská galerie, Wortnerův dům, 7. 11. 2001, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Gándhí a Indie. Komponovaný večer k výročí narození Mahátmá Gándhího, Slávie Pedagogická fakulta – oddíl jógy, 25. 11. 1999, České Budějovice.
Novotný, Miroslav. Sakrální architektura v jižních Čechách 16.–18. století. SUPŠ Anežky České, Český Krumlov, červen 1997.
Novotný, Miroslav. Česko šest let poté. Přednáška v rámci česko-francouzského semináře, Pedagogická fakulta Jihočeské university, České Budějovice, květen 1996.
Novotný, Miroslav. Z dějin českého školství. Fakulta managementu Jihočeské university, 14. února 1995, Jindřichův Hradec.
Novotný, Miroslav. Komenský a jeho doba. Přednáška ke 400. výročí narození J. A. Komenského. Muzeum, Týn nad Vltavou, duben 1992.
2017, 13. – 15. 9.: Olomouc – 11. sjezd českých historiků; Filosofická fakulta UP a Sdružení historiků ČR; Panel Dějiny vzdělanosti; ref.: Škola a vzdělání, město a region.
2017, 25. – 27. 4.: Praha – 5. mezioborové sympozium. Učitelé na cestách v 18. až 20. století. Inovace. Inspirace. Edukace; PNP Praha, Pedagogická fakulta UK, Národní pedagogické muzeum a knihovna J. A. Komenského, Západočeské muzeum v Plzni, Národní muzeum Praha; ref.: „Poutníci z lásky k učení“. Řeholní scholastici na cestách v 18. a 1. polovině 19. století (spolu s Tomášem Veberem).
2016, 8. – 9. 9.: České Budějovice – Kněžské identity a otázka ultramontanismu v českých zemích; Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i. ve spolupráci s Filozofickou fakultou Masarykovy Univerzity a Teologickou fakultou Jihočeské univerzity; ref.: Bolzanovec Jan Zátka (1802–1881).
2016, 28. – 29. 4.: Olomouc – Střední školství v českých zemích v 18. až 20. století – kontexty, bilance, perspektivy výzkumu; Katedra historie Filozofické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci, Centrum pro hospodářské a sociální dějiny Filozofické fakulty Ostravské univerzity v Ostravě a Pedagogická fakulta Univerzity Palackého v Olomouci; ref.: Střední školy v jižních Čechách v letech 1762–1918.
2015, 10. – 12. 9.: Praha – 5. bienále České společnosti pro výzkum 18. století: Osvícenství – to jsme my; ref.: Ze mlýna, tkalcovny či od řeznického špalku ke kněžské sutaně. Formování drobné kněžské inteligence na jihu Čech v 1. polovině 19. století (spolu s Tomášem Veberem).
2015, 19. – 20. 5.: České Budějovice – M. Jan Hus - svědek křesťanské víry pro naši dobu; Teologická fakulta Jihočeské university, Cyrilometodějská fakulta University Palackého Olomouc, Česká christologická a mariologická akademie; ref.: Jan Hus a české národní školství v letech 1867–1918.
2015, 8. – 10. 4.: Praha – Kantorský odkaz. Škola a hudba (nejen) v době Jakuba Jana Ryby (1765–1815); Katedra dějin a didaktiky dějepisu a Katedra hudební výchovy Pedagogické fakulty UK Praha, Památník národního písemnictví Praha; ref.: Řeholní učitelé na středních školách v českých zemích ve druhé polovině 18. a první polovině 19. století (na příkladu Českých Budějovic).
2014, 13. – 14. 5.: Přerov – Škola a Velká válka; Muzeum Komenského v Přerově; ref.: České střední školy v českých Budějovicích v době Velké války.
2013, 15. – 16. 10.: Hradec Králové – Ke studiu dějin vysokého školství po druhé světové válce; Archiv University Hradec Králové a Archiv University Palackého v Olomouci; ref.: Počátky a rozvoj vysokoškolského vzdělávání v jižních Čechách v letech 1948–1970.
2013, 19. – 20. 4.: Jičín – Karel Kazbunda, kulturní dědictví a mezinárodní právo; Pekařova společnost Českého ráje v Turnově, Národní archiv ČR Praha, město Jičín, Regionální muzeum a galerie v Jičíně; ref.: Jihočeské kořeny Karla Kazbundy.
2012, 19. – 21. 9.: České Budějovice – Věda, kultura a politika v československo-italských vztazích 1918–1951; Historický ústav Filosofické fakulty Jihočeské university a SOA Třeboň – SOkA České Budějovice, ref.: Zdeněk Kalista a Itálie.
2011, 4. 5.: České Budějovice – „Jeho život byl ustavičným pochodem“. Jan Nepomuk Neumann (28. 3. 1811 Prachatice – 5. 1. 1860 Philadelphia); Biskupství českobudějovické, Teologická fakulta Jihočeské university a Česká křesťanská akademie; ref.: Jan Nepomuk Neumann a českobudějovická diecéze.
2009, 3. – 5. 6.: Praha – Katolické osvícenství. Od „barokní piety“ k „interiorizaci víry“?; Společnost pro výzkum 18. století, Katolická teologická fakulta UK Praha, Ústav českých dějin Filozofické fakulty UK Praha; ref.: Výchova a vzdělání kněží v diecézních seminářích na přelomu 18. a 19. století.
2008, 1. – 3. 10.: České Budějovice – Proměny diskursu české marxistické historiografie; Historický ústav Filosofické fakulty Jihočeské university a Státní okresní archiv v Českých Budějovicích; ref.: Dějiny školství a vzdělanosti v české marxistické historiografii.
2007, 20. 12.: Pardubice – V zajetí veřejné prospěšnosti. Církevní řády v českých zemích v 17. – 20. století; katedra historických věd Fakulty filozofické Universita Pardubice; ref.: Řeholní kongregace v Čechách na přelomu 19. a 20. století v kontextu proměn náboženského milieu.
2007, 17. – 19. 9.: Praha – Post tenebras spero lucem? Duchovní tvář českého a moravského osvícenství; Ústav českých dějin Filosofické fakulty UK Praha; ref.: Děti státu. Školství v českých zemích mezi reformou a tradicí.
2007, 13. – 15. 9.: Hejnice – Locus pietatis et vitae; Ústav dějin UK – Archiv UK Praha; ref.: Heretici, konvertité, hříšníci a posedlí na Jindřichohradecku v první polovině 17. století ve světle kroniky tamní jezuitské koleje.
2007, 21. – 23. 3.: České Budějovice – J. V. Kamarýt: osobnost, dílo, doba; Jihočeské muzeum České Budějovice a město Velešín; ref. Školství na jihu Čech v době Josefa Vlastimila Kamarýta.
2007, 23. 2.: České Budějovice – Střední Evropa na prahu 20. století; Teologická fakulta Jihočeské university; ref.: Společnost a náboženství v Evropě v závěru 19. a na počátku 20. století.
2005, 14. – 15. 2.: Praha – 22. seminář pro vyučující dějinám věd a techniky; Výzkumné oddělení dějin techniky a exaktních věd, Národní technické museum; ref.: Teoretická východiska přípravy projektu dějin vyššího školství v jižních Čechách – Jihočeská universita.
2004, 29. – 30. 4.: Pardubice – III. pardubické bienále: Bratrstva – světská a církevní sdružení a jejich role v kulturních a společenských strukturách od středověku do moderní doby, Fakulta humanitních studií Univerzity Pardubice; ref.: Pod praporem Královny nebes. Pietas Mariana a mariánské družiny v českých zemích v 16. – 19. století.
2002, 9. – 10. 10.: Mikulov – XXVII. Mikulovské sympozium: Vývoj církevní správy na Moravě; Moravský zemský archiv v Brně, SOkA Břeclav se sídlem v Mikulově, Historický ústav FF MU v Brně, Muzejní a vlastivědná společnost v Brně, Českomoravská komise pro srovnávací církevní dějiny; ref.: Českobudějovická diecéze v kontextu proměn církevní správy 18. – 20. století.
2001, 24. – 25. 5.: Třebíč – Středověké kláštery v zemích Koruny české; Západomoravské muzeum v Třebíči; ref.: Páni z Hradce a jindřichohradecké konventy.
2000, 23. – 24. 11.: Praha – Věda v Československu a Pražské jaro; Archiv AV ČR, Ústav dějin – Archiv UK a Společnost pro dějiny věd a techniky; ref.: Českobudějovičtí vysokoškoláci a Pražské jaro.
2000, 27. – 29. 9.: Radnice – Jeden jazyk naše heslo buď I; Studijní vědecká knihovna Plzeň a Spolek divadelních ochotníků v Radnicích; ref.: Antonín Jaroslav Puchmajer a jižní Čechy.
1999, 23. – 24. 11.: Praha – Věda v Československu v letech 1953–1963; Archiv AV ČR, Ústav dějin – Archiv UK a Společnost pro dějiny věd a techniky; ref.: Příprava učitelů v Českých Budějovicích a její proměny v letech 1945–1963.
1999, 24. – 25. 6.: Jičín – Minulost, současnost a budoucnost gymnazijního vzdělávání; Lepařovo gymnázium v Jičíně a Pekařova společnost Českého ráje; ref.: Kolej Tovaryšstva Ježíšova v Jindřichově Hradci v letech 1594–1648.
